El Departamento de Laboratorios y Estaciones Cuarentenarias Agrícolas y Pecuarias del SAG, se encuentra ubicado en la Comuna de Pudahuel, en el sector de Lo Aguirre, su misión principal es " Apoyar la labor de los Departamentos Técnicos en el diagnóstico fito y zoosanitario, en materias ambientales, de calidad (semillas) e inocuidad, con el propósito de defender y mejorar el patrimonio sanitario, fortaleciendo como consecuencia el comercio interno y externo del país."

La Estación Cuarentenaria Agrícola tiene como función principal detectar y diagnosticar las plagas cuarentenarias y reglamentadas, a fin de impedir su ingreso al territorio nacional. Para cumplir con este objetivo existen dos regímenes de ingreso de material vegetal a la Estación: cuarentena de filtro y cuarentena absoluta.
En el caso de la cuarentena de filtro, una muestra de material ingresa a cuarentena en la Estación y el material restante es enviado al predio en condiciones de confinamiento.
El sistema de cuarentena absoluta está amparado por la Resolución N° 2863 del año 2001, vigente para las especies vegetales de mayor riesgo fitosanitario para el país. Consiste en mantener y analizar el 100 % de material confinado en una infraestructura de alta seguridad, como es la Estación, lo que disminuye el riesgo de ingreso de plagas y acortar a un año el plazo de levantamiento de los materiales.
Es importante destacar que, con fecha 4 y 5 de Febrero de 2004, se realizó la Auditoría de Certificación ISO 9001:2000 al proceso de Cuarentena Absoluta, lográndose la inscripción en el Registro Nacional INN N° 278.
Además, la Estación participa en el programa de certificación de cítricos, carozos y frutillas, que desarrolla la División de Semillas. Produce el 80 % de los patrones para uso de las cuarentenas y produce plantas indicadoras para su utilización en los laboratorios.